Del legame fra Porto S. Stefano, il villaggio marittimo a nord del Promontorio del Monte Argentario, e Santo Stefano Protomartire non si hanno, purtroppo, notizie certe. Il primo documento scritto risale al 1334 per opera di Simone di Messer Jacopo Tondi il quale, invitato dalla Repubblica di Siena a visitare terre e luoghi di sua appartenenza ed a farne una relazione, scrisse del "Porto Traiano (nome originario), ora detto di Santo Stefano". L'ipotesi più vicina alla realtà sembra essere quella di una scelta fatta ai tempi del dominio dell'Abbazia delle Tre Fontane, così come avvenne per il nome di S. Liberata e quello di Cala dei Santi.
La comunità parrocchiale nacque nel 1728, quando le poche famiglie che componevano il nucleo abitativo, circa 40, ne chiesero la costituzione.
La chiesa, dedicata al santo, fu aperta al culto il 30 novembre del 1750 ed elevata ad Arcipretura nel 1763 rimanendo attiva fino al 7 giugno del 1944, quando le truppe tedesche in ritirata la fecero saltare in aria. Rimase in piedi solo il campanile che, rialzato, ancora oggi si erge accanto alla chiesa nuova, inaugurata nel 1950.
Sul portale principale l'iscrizione ricorda il legame del Santo protomartire con il luogo: "Il Patrono Santo Stefano conceda un porto di salvezza ai naviganti" mentre, al suo interno, è l'altare dedicato a Santo Stefano con la statua realizzata da Emilio Greco.
Le date in cui si ricorda il Santo sono il 2-3 agosto, in cui si ricorda il ritrovamento del corpo avvenuto nel 415 per opera del presbitero Luciano ed il 26 dicembre, giorno in cui avvenne la traslazione dei resti nella Chiesa di Sion a Gerusalemme.
Il culto del santo patrono ha legato la sua figura al popolo di Porto S. Stefano composto, in gran parte, da pescatori, naviganti e marinai e la sua festa è, da sempre, un ringraziamento e una richiesta di protezione dai pericoli che gli uomini rischiano ogni giorno andando per acqua ma è anche parte delle festività legate alle leggende piratesche locali che culminano nel Palio Marinaro dell'Argentario, il 15 di agosto, in onore della Madonna Assunta in cielo.
Ogni 2 di agosto, in chiesa, viene presentato il palio che andrà al rione vincitore e, dopo cena, si snoda la processione che, attraversando parte del paese, scende fino al porto del Valle dove la statua viene issata a bordo di una delle piccole imbarcazioni addobbate ed illuminate a festa. La processione di barche procede creando un suggestivo panorama nel buio dello specchio d'acqua antistante la piazza principale dove, una volta rientrata, si prosegue con la benedizione finale. Legata alla festa patronale è la disputa del Palietto il giorno seguente, regata di portata inferiore a quella del palio, 2400 metri in 6 tratte, in cui i giovanissimi rionali stipulano lo stretto ed antico patto di questa gente con il mare.
